Sia nel periodo della peste nera del XIV secolo che durante le successive epidemie di peste del XVI e XVII secolo eminenti uomini di Chiesa, non solo in Liguria, ma anche altrove, misero in guardia i fedeli dal colpevolizzare gli ebrei di un tale flagello: in particolare a Ventimiglia e dintorni e ad Oneglia, ma anche da altre parti del Ponente ligure, le gerarchie ecclesiastiche locali invitavano a non incolpare gli ebrei delle calamità come carestie, epidemie e terremoti, riferendo alla Santa Sede che si trattava, pur sempre, di fenomeni naturali.
Papa Clemente VI° (1342-1352) emise in proposito una bolla papale che affermava che anche gli ebrei morivano di peste e che certe accuse erano assolutamente infondate. Tuttavia i pregiudizi saranno duri a morire, nonostante queste raccomandazioni pontificie, e non di rado la popolazione si lascerà andare ad atteggiamenti persecutori nei confronti degli ebrei. Atteggiamenti che divennero assai più gravi, in occasione dell'espulsione degli ebrei "sefarditi"(detti "marrani") dalla Spagna a ó del fanatismo della Corte spagnola (nel 2015 la Spagna concesse,in riparazione, la cittadinanza spagnola ai discendenti di quegli ebrei).
Del fanatismo spagnolo non fu immune lo stesso Papa Clemente VII°, la cui rigidità da inquisitore, esasperò il comportamento anti ebraico, facendo bruciare ad Ancona alcune copie del Talmud ed emanando nel 1555 persino una bolla severissima contro i "marrani" (i profughi ebrei sefarditi, cioè, che stavano trovando rifugio in Francia e in Italia, mentre meglio per essi era raggiungere il Maghreb, dove gli ebrei erano presenti da secoli) e soprattutto contro gli ebrei romani, relegandoli nei ghetti.
Nei territori del Duca di Savoia, Nizza era divenuta nel frattempo, un porto franco per gli ebrei spagnoli, sotto la protezione del Duca Emanuele Filiberto. Il Duca, però, si lasciò convincere dalle direttive papali, fondate su un'applicazione eccessivamente rigorosa dello spirito della Controriforma (direttive che in certi casi si rivelarono controproducenti: vedi la rottura con Enrico VIII di Inghilterra). Il Duca iniziò perciò a perseguitare gli ebrei e a cacciarli da Nizza con grande sorpresa di quella povera gente, sanzionando pure quei cristiani che li avevano aiutati. Presto, tuttavia, il Duca si rese conto dell'ingiustizia commessa e della vergognosa violazione dell'accordo stipulato con i sefarditi per la loro accoglienza a Nizza e concesse nuovamente agli ebrei la sua totale protezione in tutti i territori del dominio sabaudo.
Già prima che Oneglia passasse sotto i Savoia, nel 1576, non pochi sefarditi avevano raggiunto la città e qui si erano stabiliti (ma anche a Porto Maurizio dove comunque, come in tutto il Genovesato, si respirava un clima di maggior tolleranza). Oltre a proteggere gli ebrei, il Duca di Savoia consentì loro di aprire dei banchi a Nizza e in Piemonte. Nel 1578, due anni dopo l'acquisto Oneglia, nel 1576, il banchiere ebreo Moisè Dina, con il favore del Duca, aprì in città un banco che serviva anche il Maro e Prelà. Lo stesso banchiere ebreo lusitano Moisè Pinto, con base a Torino, opererà ad Oneglia.